Sinds Descartes wordt het bedrijven van wetenschap en daarmee ook van de geneeskunde gedomineerd door de methode van het splitsende denken, het reductionisme. Een complex probleem wordt benaderd door het uit elkaar te nemen in zo klein mogelijke deelproblemen. Deze worden vervolgens apart opgelost en weer teruggeplaatst in het geheel. Dit Cartesiaanse denken met zijn scherp onderscheid tussen ziel en lichaam, de stoffelijke en de onstoffelijke wereld wordt ook wel aangeduid met: het biomedisch model. De geneeskunde wordt beschouwd als een natuurwetenschap van het menselijk lichaam.

Een ziek mens benader je door zijn organen te bestuderen en de weefsels, de cellen, de moleculen en de atomaire structuren waaruit ze zijn opgebouwd. De uiteindelijke verklaring zal worden geleverd door de biochemie, de neurobiologie en de genetica. Deze manier van denken binnen de geneeskunde wordt aangeduid met het reductionistische denken. Een mens is gelijk aan de som van de samenstellende onderdelen. Een menselijk lichaam wordt beschouwd als een apparaat dat op grond van zijn onderdelen kan worden geanalyseerd. Ziekte wordt gezien als het onvoldoende functioneren van biologische mechanismen, die vanuit het standpunt van de cellulaire en moleculaire biologie worden bestudeerd. Zo kan men ook zeggen dat het denken in de geneeskunde gebaseerd is op de opvatting dat het lichaam een machine is, ziekte het gevolg van het kapot gaan van de machine en de taak van de arts om dit mechanisme te herstellen/repareren.

De geneeskunde, die onderwezen wordt op de medische faculteiten kan met een aantal steekwoorden worden getypeerd; causaal, analytisch, kwantitatief, objectiverend, abstraherend en gericht op technisch handelen. Waar ziek-zijn een toestand is van de totale mens, is een aandoening een toestand van een bepaald deel van het lichaam. In plaats van patiënten in hun ziekteproces te begeleiden, worden slechts de aandoeningen behandeld. Immers het reductionistisch denken gaat uit van de gedachte dat de verklaring van ziekte en gezondheid gezocht moet worden in de samengestelde delen. Ofschoon het hier beschreven reductionistische denkmodel de geneeskunde de afgelopen 100 jaar ontelbare bruikbare denkkaders en een ongekend aantal behandelingsmogelijkheden opleverde, krijgt men steeds meer en steeds dwingender aanwijzingen dat de activiteit van het opsplitsen en het analyseren maakt dat de geneeskunde haar doel voorbijschiet. De geneeskunde dreigt door dit verregaande onderscheiden het zicht op het geheel te verliezen.